Fin dal 1737, anno della morte di Micheli, ci si mosse per salvare le opere inedite del botanico fiorentino, a partire dai colleghi della Società botanica fiorentina, dall'amico e esecutore testamentario Antonio Cocchi, arrivando a premere su Giovanni Targioni Tozzetti che infine si fece carico dell'acquisto dell'intero Museo micheliano. I manoscritti, conservati dalla famiglia Targioni per più di un secolo, furono riordinati in un primo momento da Giovanni con l'intenzione di una pubblicazione cui mai si arrivò. Questo materiale, come gli Essiccata, conobbe dei rimaneggiamenti ad opera dei nuovi successivi proprietari: Antonio, nipote di Giovanni, aggiunse il titolo sul frontespizio alle opere che ne erano prive, mentre si deve a Filippo Parlatore la creazione di indici per i singoli manoscritti e di due volumi di indice generale numerati Ms 72 e Ms 73:
"Pour les rendre plus utiles aux botanistes j'ai fait faire un index des noms de plantes qu'on trouve mentionéés ou décrites dans chaque volume et un index général en deux volumes des noms de tous les manuscrits" (Parlatore 1874)
Tra il 1900 e il 1905 i 72 manoscritti passarono all'Istituto botanico dove ancora sono collocati. L'Inventario delle proprietà mobili dello Stato esistenti al 31 dicembre 1906 del Laboratorio di Botanica elenca i volumi assegnando loro i numeri 2613-2662. Nel caso di opere in più tomi, a tutti i tomi è assegnato il numero di inventario del primo.
Il valore complessivo riportato è di Lit. 5670. I manoscritti presentano sulla costola la vecchia segnatura "MSS. VI P: A: MICHELII" o "MSS MICHELI" e un numero progressivo da 1 a 71 (due sono segnati 29 bis e 69 bis). Le legature sono semplici, per lo più in cartoncino, ma in alcuni casi anche in cuoio o pergamena. Quasi ogni manoscritto è corredato da una scheda (un piccolo inserto cartaceo) dovuta ad Antonio Targioni Tozzetti con un riferimento al catalogo delle opere redatto dallo stesso Antonio e conservato alla Biblioteca Nazionale.
Solo una parte dei manoscritti è autografa: Mss 15, 18, 20, 28, 31, 33, 50, 67, 71, gli altri sono stati copiati. Pier Antonio affidò infatti a più copisti la messa a pulito dei testi via via completati. Cinque le diverse mani individuate e rese con le lettere α β γ δ ε (Ragazzini 1993). Frequenti restano comunque le annotazioni micheliane e postille a aggiunte dovute a Giovanni.
Circa 1300 le carte che riportano disegni attribuibili a Micheli. Le tavole a colori sono quasi 2.500 e si trovano presenti su 23 manoscritti, precisamente nei numeri 3, 6, 21, 46, 48, 49, 51, 55, 56, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 69 bis, 70. Molte immagini sono riferite a funghi.
Del corpus manoscritto, ben sessantasei trattano di piante: tre possono essere considerati come appendici o appunti per il Nova Plantarum Genera, l'opera più nota di Micheli e una delle poche sue pubblicazioni a stampa, uscita a Firenze nel 1729.
Una ventina descrive vegetali ed elenca specie, commenta opere precedenti di botanici illustri, quali Andrea Cesalpino o Joseph Pitton de Tournefort, altri contengono cataloghi di piante raccolte in diversi viaggi, alcuni nell'agro fiorentino altri in vari luoghi d'Italia e in Germania, piante in gran parte conservate nella sezione di Botanica del Museo, mentre ventidue manoscritti sono dedicati ai funghi, riguardo ai quali le osservazioni di Micheli si rivelarono preziose, tanto da farlo definire "padre" della moderna micologia.
Quattro manoscritti si riferiscono all'Orto botanico: il Catalogus Plantarum Horti Regii Florentini, due titolati Catalogus Plantarum Horti Florentini e l'ultimo Cataloghi diversi, Autografi o corretti o con aggiunte di Pietro Antonio Micheli e appartenenti alle piante dell'Orto Botanico Fiorentino detto dei Semplici, tutti contenenti elenchi numerati di piante presenti nel Giardino dei Semplici con indicazione della loro collocazione (Nepi 2017).
L'intera eredità manoscritta di Micheli è databile fra il 1707 e il 1736. La consultazione di questi volumi è ancora oggi essenziale per orientarsi nell'Erbario Micheli-Targioni; una parte di manoscritti infatti funge da catalogo della raccolta essiccata (per es. i Mss 32 e 33) e alcuni servono a rintracciare informazioni mancanti nei campioni conservati.
Nel 1993 Stefania Ragazzini ha pubblicato il Catalogo dei manoscritti (I manoscritti di Pier Antonio Micheli conservati nella Biblioteca botanica dell’Università di Firenze: catalogo).
Nel 2017 la Biblioteca di scienze ha avviato la digitalizzazione dei manoscritti: i Mss. 33, 66 e 67 sono già disponibili sulla piattaforma Impronte digitali e pubblicati anche nel sito Internet culturale.
Nel 2018 la digitalizzazione è proseguita con ulteriori 21 manoscritti, selezionati come più urgenti dai botanici del Museo per il legame con l’Erbario:
- Ms 24 Catalogi plantarum in Etruria, Italia, Germania etc. sponte nascientium et a Petro Antonio Michelio botanico florentino repertarum
- Mss 26-27 Itinera botanica
- Ms 31 Graminum classis nova
- Ms 32 Elencus rariorum plantarum musei micheliani
- Mss 34-39 Catalogo delle piante che spontaneamente nascono nel suolo Fiorentino dentro lo spazio di circa dodici miglia
- Mss 40-49 Enumeratio quarundam plantarum sibi per Italiam, et Germaniam observatarum iuxta Tournefortii methodum dispositarum
Bibliografia della Mostra