La storia dell’Università di Firenze e delle sue biblioteche è strettamente connessa a quella della città e alla sua tradizione culturale, al peculiarissimo intreccio tra cultura letteraria e artistica e cultura scientifica, che nasce in età rinascimentale e umanistica e si sviluppa nei secoli successivi, grazie all'attività dei Granduchi di Toscana, collezionisti e mecenati.
Tra il secolo XVIII e il XIX si effettuano a Firenze importanti esperimenti scientifici e scoperte degne della tradizione galileiana, si sviluppano discipline scientifiche, grazie all'apporto di illustri scienziati: basti pensare alla Botanica di Antonio Micheli, alla Zoologia di Giovanni Targioni Tozzetti, alla Chimica di Ugo Schiff, alla Medicina di Pietro Grocco.
La fondazione dell'Istituto di studi superiori, pratici e di perfezionamento nel 1859, che diviene nel 1924 Università degli studi di Firenze, segna tuttavia l'inizio di un imponente fenomeno di disgregazione e dispersione delle ricche collezioni Medicee e Lorenesi: apparati e libri, che all'epoca del Granducato costituivano un'unità armonica, nella seconda metà dell'Ottocento sono considerati un mero supporto dell'attività didattica; i libri sono trasferiti nelle biblioteche che si vanno costituendo intorno alle rispettive Facoltà; gli oggetti e gli strumenti scientifici, ormai obsoleti, sono considerati testimonianze del passato da custodire nei Musei universitari.
Il 1995 vede l'istituzione del Sistema Bibliotecario di Ateneo, che dal 1999 si articola poi in 5 grandi biblioteche di area disciplinare: l'Area Biomedica, delle Scienze, delle Scienze sociali, delle Scienze Tecnologiche e Umanistica.
La diffusione delle reti telematiche ha consentito il collegamento delle varie aree, frammentate e disperse sul territorio cittadino, con modelli omogenei e integrati tra di loro, realizzando un “sistema” in grado di attivare procedure comuni in tutte le sedi e di offrire ai propri utenti la fruizione online di tutti i servizi.