Nella sua lunga carriera Gatti si recò in numerose località dell'antica Etruria, tra cui Fiesole, Cortona, Populonia, Saturnia, Talamone e Vetulonia, al fine di documentare i ritrovamenti archeologici. Intenso è stato anche il suo lavoro per disegnare e fotografare gli oggetti del Museo di Firenze e illustrarne la guida, pubblicata da Milani in due edizioni.

Collaborò con la maggior parte degli ispettori archeologi fiorentini. Per Giuseppe Pellegrini, ispettore da ottobre 1894 a marzo 1902, Gatti illustrò le pubblicazioni degli scavi di Poggio Buco e di Chiusi, il catalogo del Museo Chigi di Siena e le due monografie sui vasi figurati di Bologna. Per Ettore Gabrici eseguì la documentazione grafica dello scavo al santuario del Pozzarello di Bolsena nel 1904. 

Fu inoltre responsabile delle illustrazioni per la ricca e variegata produzione scientifica di Luigi Pernier, divenuto ispettore alla fine del 1907: dalle necropoli etrusche di Tarquinia e Vetulonia, ad Orvieto, alle scoperte cretesi.

Infine, collaborò con l'ispettore Edoardo Galli in varie località della Toscana, tra cui Chiusi dove, nel 1910, furono riaperte le tombe dipinte al fine di completare le riproduzioni a scala reale delle pitture etrusche e, nel 1913-1914, furono indagate le tombe etrusche delle Palazze e la necropoli longobarda di Arcisa. Comunque, il lavoro più impegnativo fu quello che svolsero insieme a Fiesole, dove Gatti documentò gli scavi e curò l’illustrazione della guida dell’area archeologica e del Museo civico.

Il disegnatore del Museo e della Soprintendenza occasionalmente prestò il suo talento anche ad archeologi esterni ai ruoli del Ministero come Georg Karo, per il quale illustrò il contributo sulle oreficerie di Vetulonia, Nello Toscanelli, politico e studioso interessato agli aspetti storici del territorio volterrano e della città di Pisa, e filologi e classicisti come Tito Tosi e Nicola Terzaghi, la maggior parte legata all’ambiente universitario fiorentino e al celebre salotto Milani Comparetti, dove il mercoledì sera «si parlava d’arte, di politica o di scienza» (N. Terzaghi, La filologia classica a Firenze al principio del secolo XX, in Prometeo. Scritti di archeologia e filologia, a cura di N. Terzaghi, Torino 1966, p. 10).