Lo sviluppo delle conoscenze nel mondo della natura porta come conseguenza alla necessità di dare un nome ed ordinare ciò che è noto. Come diceva Linneo, «Se non conosci il nome, muore anche la conoscenza delle cose».
I tentativi cinque e secenteschi di classificazione di piante e animali, fra cui possono essere ricordati quelli di U. Aldrovandi, P. Belon, J. Dalechamps, C. Bauhin, ecc., dedicati inizialmente all’uso pratico di tali organismi, trovano successivamente una base scientifica nelle opere critiche dello stesso periodo che aprono la strada alle classificazioni moderne, come è dimostrato dagli importanti testi di Andrea Cesalpino (1525-1603), John Ray (1627-1705), Joseph Pitton de Tournefort (1656-1708) e così via. In questo percorso troviamo anche le ampie storie naturali di Conrad von Gesner (1516-1565) e di Jan Jonston (1603-1675), opere di natura enciclopedica che, nell’intenzione di “inventariare” tutte le conoscenze disponibili in materia di storia naturale, costituiscono una sorta di raccordo tra le conoscenze antiche e la nuova prospettiva scientifica moderna.
Talvolta tali opere hanno carattere monografico, e sono tese ad illustrare categorie animali collegate ad attività umane come nel caso di Antonio Valli da Todi (1601) che scrive il primo trattato ornitologico in lingua italiana dove sono illustrate le specie di uccelli di interesse venatorio e le tecniche di caccia.
Finalmente nel XVIII secolo comparirà Carlo Linneo (Karl von Linné, 1707-1778), il quale darà il via alla moderna tassonomia con l’elaborazione di un sistema della natura organicamente strutturato in categorie tassonomiche coerenti.
Sulla scia dei naturalisti francesi sostanzialmente contrari alla teoria linneana, troviamo anche pubblicazioni, come ad esempio Storia naturale delle scimie e dei maki... di Huges (fl. 1815), che da un lato avanzano coraggiose ipotesi di continuità tra la scimmia e l’uomo ma dall’altro si attardano su modelli scientifici ormai superati.
In ogni caso, tanta riflessione teorica accompagna il progressivo ampliarsi degli orizzonti geografici conosciuti e, anzi, è stimolata dal moltiplicarsi di nuovi reperti naturalistici da studiare e classificare, un fenomeno che diventa quasi una moda nel corso dell’Ottocento.
Gli scienziati partecipano a viaggi ed esplorazioni di cui riferiscono più o meno minuziosamente l’esperienza e i risultati scientifici in opere di grande respiro, in cui rappresentano le specie botaniche e zoologiche individuate; esemplare il lavoro Histoire naturelle des Iles Canaries di Webb (1836-1850). Queste opere non intendono più rappresentare l’universo naturale nelle sue varie espressioni ma acquistano una dimensione sempre più specialistica e critica.
Parallelamente, anche a livello locale, si accende un’attenzione specifica per lo studio di particolari aree del territorio, si censiscono le specie che le abitano e si assiste alla pubblicazione di dettagliati repertori ed iconografie che le descrivono, come l'Iconografia della avifauna italica di Giglioli (1879-1906).
Concludendo, come scriveva Leopardi a Giordani nel 1817, «chi non è insensato arde di vedere e di conoscere; la terra è piena di meraviglie» e così la scienza avanza in virtù di questa attitudine umana alla curiosità, all’esplorazione e alla ricerca.