Una ventina di manoscritti dal Ms 50 al Ms 71 contiene analisi, descrizioni e disegni dei funghi raccolti e studiati da Micheli, anche da lui illustrati, oltre che da suoi contemporanei illustratori. Spinto da forte spirito di osservazione si muoveva su vari percorsi, non solo nei giardini dentro le mura fiorentine, ma anche nei dintorni di Firenze e pure fuori la Toscana, su itinerari conosciuti che lo portavano alle stazioni di rinvenimento, indagati da Giacomo Lazzari a distanza di secoli nella guida sugli Itinerari micologici (Lazzari 2008).
A corredare di tavole di funghi i manoscritti che testimoniano le sue osservazioni è prevalentemente Tommaso Chellini, che condivideva la passione di Micheli e che Targioni dice essere "cittadino fiorentino, il quale per lo più dimorava in una sua villa a Scandicci alto, vicino a Firenze, e non solamente si occupava in cercar piante, ma le rappresentava anche non infelicemente con figure colorite in acquerello. Del Chellini si prevalse poi il Micheli per fagli dipingere varie piante da sé scoperte, specialmente Funghi, Agarici ecc." (Targioni Tozzetti, 1858). Targioni attribuisce a Chellini le tavole illustrate dei Mss 3, 30, 51 e 69 bis ma non viene esclusa la sua mano anche dietro le illustrazioni di altri manoscritti incentrati sui funghi, come i numeri 55-58 e 60-63.
Sui libri del Chellini, dice ancora Targioni nella nota alle stesse pagine che: "di libri simili ne esistono alcuni anco alla Biblioteca Riccardiana, ed in quella del R. Arcispedale di Santa Maria Nova". Il libro dei funghi di Chellini in cinque tomi, databile 1699, è posseduto dalla Biblioteca Biomedica dell'Università di Firenze che ne ha curato la digitalizzazione.
Vedi in Impronte digitali il Libro dei funghi.
Sempre Targioni, al pittore Giovanni Bonechi, meno chiaramente identificabile, attribuisce, oltre alcune tavole a colori del Ms 3 e del Ms 6, le illustrazioni particolarmente eleganti e colorate del Ms 66, riprodotto in Impronte digitali: Codices duo exhibentes figuras plurimas fungorum et agaricorum a Bonechio expressa.
Il Ms 67, contiene invece 39 tavole attribuite a Micheli, con disegni di funghi realizzati a matita a seppia e annotazioni di mano di Micheli che riportano a disegni di Giovanni Bonechi, Tommaso Chellini e Dreino, illustratore citato esplicitamente anche in Ms 55, ma di cui poco è riportato. Il manoscritto è riprodotto in Impronte digitali: Tavole schematiche di disegni di funghi
Le tavole sono realizzate a matita, tempera, acquerello, e anche matita a seppia o talvolta a penna.