Nel settore delle Raccolte scientifiche, a riportare i danni maggiori fu il Museo di Storia della Scienza, oggi Museo Galileo, affacciato direttamente sull’Arno.

Il Museo era allestito nelle sale ai piani seminterrato, terreno e primo del Palazzo Castellani in piazza dei Giudici. All’alba di venerdì 4 novembre 1966 le acque dell’Arno, aprendosi una via dal portone del palazzo e dalle finestre del seminterrato, raggiunsero al piano terra un’altezza di circa 4,20 metri.
Da poco, nel settembre 1964, erano state aperte al pubblico le cantine, uno spazio prezioso, visto che il Museo doveva allora condividere Palazzo Castellani con l’Accademia della Crusca e la Deputazione di Storia Patria per la Toscana. Il rinnovato percorso espositivo si snodava quindi dal sottosuolo al primo piano, l’unico ad essere risparmiato dal fiume.

Simbolo della raccolta colpita diventarono il cannocchiale e altri oggetti galileiani in mano alla direttrice Maria Luisa Righini Bonelli, fotografata infangata in piazza dei Giudici davanti al museo. Se tali cimeli in realtà erano stati graziati dall’acqua essendo al primo piano, furono invece letteralmente travolte e frantumate le tre cere di Gaetano Zumbo: Il Trionfo del Tempo, La Vanità della Gloria Umana e la Peste, capolavori della metà del Seicento provenienti dalla collezione del Gran Principe Ferdinando de’ Medici, allora in deposito presso il Museo e oggi conservate presso il Museo della Specola, parte del Museo di Storia Naturale dell’Università di Firenze. Le foto dello stato delle cere frantumate attestano la straordinaria opera di restauro compiuta.

Fra gli innumerevoli materiali danneggiati si presentano in questa sede una cassetta chirurgica e un modello didattico settecenteschi, allora esposti al pianterreno nella sala dedicata a Giovanni Alessandro Brambilla, medico e chirurgo personale dell’imperatore d’Austria, Giuseppe II.

L’attenzione che Maria Luisa Righini Bonelli riuscì ad attirare nei confronti delle raccolte del Museo di Storia della Scienza, stimolò nel tempo un crescente interesse anche per raccolte scientifiche meno note della città. Fra queste, la collezione del Gabinetto di Fisica dell’antico Regio Istituto Tecnico Toscano, fondato nel 1853 da Leopoldo II di Lorena, allora Istituto tecnico statale “Galileo Galilei” in via Giusti, costituita da vari nuclei quali reperti naturalistici, modelli, strumenti, macchine.